Общую стратегию научных исследований и подготовки кадров высшей квалификации в РХГА определяют ректорат и Ученый совет Академии, непосредственное руководство этими направлениями деятельности осуществляет проректор по научной работе.
Стратегия рассматривает Академию как образовательное учреждение, по типу близкое - несмотря на компактную структуру и относительно небольшую численность научных и научно-педагогических работников - к "исследовательскому университету", формирующему инновационную научно-образовательную среду. В Академии на основе культурологически структурированной образовательной системы ведутся фундаментальные и прикладные научные исследования, работают известные ученые, вокруг которых формируются научные коллективы, складываются научные и научно-педагогические школы в таких областях гуманитарного знания как культурология, религиоведение и философия. Следует заметить, что в РХГА культурология (более опосредованно — философия и религиоведение) являются важнейшими составляющими всего комплекса образовательных программ, реализуемых вузом, в том числе в таких областях как педагогика и психология.
Помимо руководителей школы каждый творческий научный коллектив включает исследователей штатных докторов и кандидатов наук. В качестве исполнителей к научной работе привлекаются аспиранты и студенты старших (а иногда и младших) курсов. Исследовательские стратегии научных и научно-педагогических школ различаются в силу устремлений их основателей, но в целом можно говорить о том, что в деятельности школ по-своему находит свое отражение концепция Академии. Все школы реализуют комплексный междисциплинарный подход, используя в исследовании своих предметных областей потенциалы философии, религиоведения и культурологии и имея в виду зарубежный и российский контексты. Каждая из школ за истекшие годы накопила в своем «багаже» защищенные докторские и кандидатские диссертации, выигранные гранты, выпущенные в свет монографии и пособия, проведенные конференции и семинары, динамично развивающиеся межвузовские, межрегиональные и международные связи.
Научные и научно-практические мероприятия, проводимые Академией, ее факультетами и кафедрами, превратились в достаточно продуманную систему. Регулярные мероприятия образуют структурный каркас, вокруг которого находят место другие инициативы. С учетом компактных размеров Академии, факультеты которой не отделены друг от друга корпусами и расстояниями, а различные образовательные программы сближены одной культурологической основой, студенты и аспиранты Академии имеют возможность учиться в совершенно особой — междисциплинарной — научной среде.